За последнее десятилетие обострились серьёзные противоречия, складывавшиеся в предыдущий исторический период, которые привели к возникновению сложных проблем, основные из которых перечислены ниже.
1. Происходит утрата целостности экономического и социального пространства. Обостряются региональные проблемы расселения, связанные с отставанием развития городов и районов Сибири, Севера и Дальнего Востока от районов Европейской части страны по обеспеченности жильём, инженерной и социальной инфраструктурой, отставанием экономической базы и жилищно-коммунального хозяйства, особенно в малых городских поселениях. Эти территории и города вовлечены сегодня в процессы стихийной стагнации вследствие разрушения или приватизации градообразующих производств.
2. Остро усилилась неравномерность развития городов и поселений вплоть до деградации отдельных систем расселения.
3. В крупнейших, крупных городах новое жилищное строительство и создание новых рабочих мест существенно преобладает над реконструкцией и модернизацией производственных и других объектов, что ведет к нерациональному использованию городской и пригородной территории, удорожанию жилищного строительства, усложнению решения транспортных, инженерно-технических и экологических проблем.
4. Интенсивно точечно застраиваются центральные части городов за счет уплотнения жилой застройки, вызывая тем самым острые социальные противоречия между местными органами исполнительной власти и жителями.
5. Малые города и посёлки городского типа существенно отстают от крупных городов по качеству жилища, уровню благоустройства, инженерного оборудования, социального и культурно-бытового обслуживания, медленно развивается их экономическая база, не реализуются предложения по размещению специализированных производств, местной промышленности, объектов отдыха и туризма.
6. Большинство сельских населённых пунктов и сельских районов по-прежнему остаются с неразвитой инфраструктурой, многие поселки и деревни практически вымирают. Падают темпы дорожно-транспортного строительства в сельской местности, не расширяется сеть опорных благоустроенных центров сельскохозяйственного производства и обслуживания сельского населения, в результате чего на значительной территории страны отток населения из сельской местности и сокращение числа сельских населённых пунктов достигли недопустимо высокого уровня.
7. В пригородных зонах крупных городов территории нерационально используются, застраиваются пригородные лесопарковые зоны, рекреационные ландшафты и сельскохозяйственные земли, нарушаются экологические требования к размещению промышленных и сельскохозяйственных предприятий, отстаёт строительство транспортных и инженерных коммуникаций.
8. Резко возросла поляризация расселения. В 115 сложившихся агломерациях сосредоточено более половины населения страны (в том числе до 70% городского); на эти агломерации приходится до 90% прироста городского населения России; в периферийных, удалённых от крупных центров районах, из малых городов и сёл увеличивается миграционный отток населения. Этот процесс усугубился значительным числом переселенцев из стран СНГ.
9. Градостроительство почти целиком передано в ведение субъектов Федерации. Органы местного самоуправления распоряжаются землеотводами, но не аккумулируют ресурсы для развития своих инфраструктур и жилищно-коммунального хозяйства, обеспечивая, в лучшем случае, лишь их эксплуатацию, занимаясь практически латанием дыр.
10. Государственные органы субъектов Федерации и органы местного самоуправления слабо взаимодействуют при решении вопросов градостроительного планирования территорий.
11. Резко сократилась востребованность документации градостроительного планирования городов и территорий.
12. Ресурс градостроительной деятельности, рациональное использование территории, являющейся структурообразующим элементом социально-экономического развития страны, используется крайне неэффективно на всех уровнях управления – федеральном, региональном и местном.
13. На федеральном уровне не разрабатываются стратегические документы градостроительного планирования: Генеральная схема расселения Российской Федерации и консолидированные схемы градостроительного развития территорий федеральных округов; на региональном уровне крайне незначителен процент наличия схем градостроительного развития субъектов федерации; на местном уровне зачастую разрабатываются лишь отдельные разделы генеральных планов или концепции генеральных планов городов и поселений. Практически полностью отсутствует контроль над выполнением положений Градостроительного кодекса Российской Федерации.